新型运输组织模式的跨入，以及供需不满的现状都在困扰着专线，历经辉煌的物流专线，近年来屡屡传出企业老板跑路的新闻。
经历了三十年的高速增长，中国从2007年GDP增速开始放缓，民营工业企业不景气，导致专线物流货源不足，再加上房租上涨，油价上涨，工资上涨，运价不涨反跌，等等，这些都是造成当前物流专线运输危机四伏的外部原因。而探究其内部原因，市场散乱，专线物流企业各自为政、行业竞争加剧，这些导致物流专线运输利润日益稀薄，行业发展裹足不前。
据了解，专线物流经历了几年的迅猛发展后，市面上充斥了大量的同质企业，企业间的竞争也日益加剧。于是，专线物流企业间的恶性杀价竞争也屡见不鲜。“一批货，我报价2万，就会有另一家出19000元，第三家给出18000元。我算了算，18000元压根儿没什么赚头，但是货主肯定找第3家拉货。园区不管你物流企业竞争不竞争，也不管你是哪条线路的，只要有租金收，谁给的价格高就允许谁进来。现在行情又不好，货少，我们要是不压价，客户就都跑掉了。”王运喜说。
如果王运喜说的这些还是光明正大的“华山论剑”，那么龙腾物流老板李国林遭遇的不得不人联想到“恶意竞争”四个字。“一个星期前，货主有一批发往兰州的货交给我，价格都跟货主定好了，16000元。货主让司机把货物和货款交给我，结果司机把货给了另一家走兰州线路的崔老板。刚开始，我和货主一直被蒙在鼓里，直到货主跟我打听货到没到时，才知道货压根儿没经过我手里。”李国林说，直到后来他才知道，崔老板和司机提前商量好了，价格还是16000元，但是崔老板从中抽出500元给司机当“辛苦费”。而司机认为，反正都是走同样的线路，只要把货发到就行，把货给哪一家都一样，这么大的便宜，哪有不占的道理。
据了解，物流专线企业这样被莫名其妙“抢”了货的事情并不少见。
除了要承受同质化竞争带来的冲击波，物流专线公司还要承担着一般的B2C和B2B业务无法匹敌的风险阻力。在通常情况下，物流费只占货值的百分之一，相当于货物价值的零头，双方的交易额仅是物流费用，责任风险却是货物全值，这种风险阻力对于专线公司来说是一笔无形中很大的负担和潜在成本。