无尘无菌车间是车间既能达到无尘效果，又能达到无菌效果的一种新有名词。它是污染控制的源头。在工厂里，没有无尘室，污染敏感度高的零件不可能批量生产。无尘无菌车间被定义为具备空气过滤、优化、构造材料和组装的房间，其中特定的规定操作程序是控制空气悬浮微粒浓度，从而达到其规定的标准。
无尘无菌车间是指将一定空间范围内之空气中的微粒子、有害空气、等之污染物排除，并将室内之温度、洁净度、室内压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内，而所给予特别设计之房间。
无尘无菌车间一般是在微生物实验室内专辟一个小房间。可以用板材和玻璃建造。面积不宜过大，约4 ~5 平方米即可，高2.5 米左右。无菌室外要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。无尘无菌车间和缓冲间都必须密闭。室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。
一方面是彻底，另一方面防止污染，是无菌技术的两个方面。另外，还要防止所研究的微生物，特别是致病微生物或经过基因工程改造了的本来自然界不存在的微生物从实验容器中逃逸到外界环境中去。为了这些目的，在微生物学中，有许多措施。