把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
担保银行和受益人之间的法律关系是基于保函而产生的保证关系。保函是一种单务合同，受益人可以以此享有要求银行偿付债务的权利。在大多数情况下，保函一经开立，银行就要直接承担保证责任。
依保函的性质不同，可分为从属性保函和见索即付保函。见索即付保函是指对由银行出具的，书面形式表示在受益人交来符合保函条款的索赔书或保函中规定的其它条件时，承担无条件的付款责任。
见索即付保函具有独立性。虽然担保人是依照基础合同的一方当事人申请，向基础合同的另一方当事人作出见索即付的承诺，但一旦见索即付保函生效，担保人与受益人之间的权利义务关系就完全以保函中所记载的内容为准，而不再受基础合同的影响。只要受益人按照保函的要求提交了索赔文件，担保人必须付款。担保人不得主张先诉抗辩权，也不能以基础合同的债务人的抗辩理由来对抗受益人。即使基础合同的债务人已经履行了合同义务或者基础合同已经因其它原因中止，担保人的责任也不能随之解除。只有在保函本身的有效期过后，担保人才能解除担保责任。相反，通常使用的保证合同具有从属性，主合同无效，作为从合同的保证合同亦无效。
见索即付保函具有无条件性。受益人只要提交了与保函中的约定相符合的索赔文件，担保人即应付款。担保人并不审查基础合同的履行情况，担保人的付款义务的成立也不以委托人在基础合同履行中违约为前提。而通常使用的保证合同保证人，其承担保证责任是以基础合同中主债务人违约为前提，保证人可以行使主债务人的抗辩权，即使主债务人本人放弃抗辩权，保证人亦可以行使抗辩权而不受影响。