把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
银行保函的办理流程：
1、填写开立保函申请书并签章；
2、提交保函的背景资料，相关的保函格式并加盖公章，企业近期财务报表和其它有关证明文件；
3、落实银行接受的担保；
4、由银行审核后对外开出保函。
如何选择合适的银行保函？
费率比较
不同银行对于不同类型的保函收费标准可能会有所不同。因此，在选择银行时，需要对各家银行的收费标准进行比较，以选择惠的方案。
银行信誉度
在选择银行时，需要考虑其信誉度和声誉。只有选择信誉度高、声誉良好的银行才能有效地降低风险。
保函手续费
境内非融资性保函手续费收取标准：
1、支付保函手续费：
银行为客户开立支付保函业务时，需要向客户征收每季千分之五的保函手续费，指导价为千分之一每季，是500元每季。
2、履约保函手续费：
银行为客户开立履约保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.1%，每季度收取500元。
3、投标保函手续费：
银行为客户开立投标保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.05%，每季度收取500元。
4、分期付款与延期付款保函手续费：
银行为客户开立分期付款、延期付款保函业务时，均需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.15%，每季度收取500元。
5、关税保函手续费：
银行为客户开立关税保函业务时，需要向客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.15%，每季度收取500元。
6、租赁保函手续费：
银行为客户开立租赁保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.15%，每季度收取1000元。
7、其他保函手续费：
预付款保函、工程质量保函与保释金保函手续费分别为：指导价0.1%、0.1%、0.15%，上限都是0.5%，收费分别是500、500、1000元/季。