质量保函：是保证人为申请人在保修期内按合同的约定履行保修义务，而向受益人提供的书面担保。若非受益人或不可抗力的原因，申请人没有按照合同的约定履行保修义务的，受益人有权要求保证人代为履行合同义务或赔偿损失。
支付保函：是应业主（买方）申请，向施工方（卖方）提供保证担保，在施工方（卖方）按合同正常提供货物、相关服务或完成约定工程量后，如业主(买方)不按约定支付合同款项，则担保方接到施工方（卖方）索赔通知后代为支付相应款项。
工程保证金的弊端：
1、保证金存在被挪用的风险，
2、保证金收取及退还的手续繁琐，退还不及时，使资金效率降低，
3、资金占用量大，且容易造成这些资金的无效沉淀。
另外保险本身存在一个索赔困难的问题，由于保证保险是可以移到二级市场进行主体交易，也就是在甲公司开具的保证保险，有可能需要到乙公司进行索赔流程，还有可能流出海外，目前在福建福州已经出具红头文件明令禁止保证保险代替保函使用。