运输中商品遭受物理损伤对质量影响很大。造成物质损伤的主要原因是不良操作、超载、堆垛安排不当等。长期以来不良操作是引起水果质量损伤的一个主要因素。虽然使用包装对缓解运输中商品遭受物理损伤的程度起很大作用，但是，仍然不能防止运输中不良操作的影响。绝大多数水果含水量较高，属于鲜嫩易腐性产品，如果在运输装卸操作中不注意轻装卸就会遭受破损。破损后的商品不易储藏，十分容易引起腐烂，因而在水果运输中要严格做到装轻卸在许多国家里，超载都是一个普遍的问题。运输业务人员往往想在一辆车上尽量多装，以便从一批货物中获得更多的经济效益，在运输人员的工作与商品质量无经济联系的情况下，这个问题就会变得更加让人担心。
运输中码货的安排也是十分重要的，即便货物没有超载，也需要小心地将一车水果有秩序地堆好、码好、较大限度地保护好。各包装之间要靠紧，这样在运输中各包装物间就不会有太大的晃动。包装要放满整个车的底部，以保证货物中的静压分布均匀。要注意垛码不要超出车边缘。要使下层的我装承担上层整个包装件的重量而不是由下层的商品来承受上层的重量。为此，长方形的容器比较好，形状不规则的容器，如竹筐、荆条筐，要堆放成理想的格式就困难得多。